Manonga menolak. Republik yang baru lahir lebih mendesak dari kampung halaman.
BKR Laut Sumatra Timur berdiri, lalu bertransformasi menjadi TRI Laut dan akhirnya ALRI. Manonga naik pangkat cepat bukan karena intrik, tapi karena situasi perang tak memberi ruang bagi keraguan.
Di tengah perang, hidup pribadi tak menunggu damai. Ia menikahi Mutiara Tua Batubara pada 8 Mei 1947, ia datang hanya beberapa jam sebelum akad.
Tiga hari kemudian, ia kembali ke medan tugas. Dari hutan Hengelo, pasukannya bergerilya melawan Belanda.
Ketika revolusi usai pada Desember 1949, Manonga keluar dari rimba dengan kurus, letih, tapi republik berdiri.
Karier militernya berlanjut dari Sabang, Surabaya, Jakarta, hingga Makassar. Ia memimpin kapal, pangkalan, dan wilayah maritim strategis.
Saat pemberontakan Permesta mengguncang Sulawesi, Manonga berada di garis depan operasi pemulihan. Pada 1959, ia diangkat menjadi Komandan Komando Daerah Maritim Makassar, sebuah jabatan penting di kawasan rawan.
Politik lalu memanggil. Presiden Soekarno menunjuknya menjadi anggota DPR-GR dan MPRS.
