Ketika diminta duduk di jajaran direksi perusahaan yayasan Angkatan Laut, Manonga memilih mundur karena tak tahan pada kolusi dan penggelembungan dana. Ia kembali ke hidup sederhana.
Tahun 1997, leukemia merenggut sisa tenaganya. Upaya mencari bantuan dana perawatan terlambat.
Pada 19 Februari 1998, Manonga Napitupulu wafat beberapa bulan sebelum Orde Baru runtuh. Ia dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, dengan upacara militer. (**)
Namanya kini menjadi nama jalan di Pandan, Tapanuli Tengah. Jejaknya lebih panjang dari itu: seorang anak nelayan yang memilih laut sebagai jalan pengabdian, dan republik sebagai tujuan akhir. (**)
