Di Senayan, Manonga duduk di Komisi Produksi, sebuah ironi bagi seorang pelaut yang lebih akrab dengan dek kapal daripada ruang sidang. Namun ia tetap menjalankan tugas.
Bersamaan, ia menjabat Kepala Operasi TNI AL dan terlibat dalam Operasi Jayawijaya untuk Irian Barat, operasi yang akhirnya tak jadi ditempuh karena diplomasi menang lebih dulu.
Pendidikan militernya membawanya hingga Uni Soviet. Ia pulang pada 1963 dengan pangkat kolonel.
Dua tahun kemudian, ketika Indonesia diguncang peristiwa 30 September, Manonga menjabat Wakil Kepala Staf Komando Pertahanan Antar Daerah Sumatera. Ia memimpin penumpasan gerakan tersebut di wilayahnya, sebuah babak kelam yang menandai perubahan arah republik.
Pangkat bintang satu disematkan pada 1968. Ia memimpin kawasan maritim Barat, lalu Kalimantan.
Saat Golkar membutuhkan figur militer untuk kampanye, namanya disebut. Bahkan istrinya sempat diusulkan maju ke DPR.
Manonga menolak. Politik, baginya, cukup dijalani sebatas tugas negara.
Ia pensiun pada 1973. Dunia sipil tak sepenuhnya ramah.
